uzturēt, papildināt un veidot muzeja krājumu kā Nacionālā muzeju krājuma daļu un nodrošināt tā saglabāšanu
nodrošināt muzeja vērtību pieejamību sabiedrībai, tai skaitā muzeja ekspozīcijās muzeja galvenajā ēkā un Farmācijas muzejā
pētīt medicīnas vēsturi
veikt zinātniski izglītojošo darbu
veicināt valsts starptautiskos sakarus un sadarbību veselības aprūpes jomā